“暴君计划”的最后一个样品，因为配送事故突然消失，各怀鬼胎的人们，为了抢夺样品，展开互相追逐。 主导“暴君计划”的，正是非常凶狠的、隶属于国家机关的局长“崔国章”（金宣虎 饰）。他私底下一直偷偷运作“暴君计划”，殊不知后面隐藏许多不为人知的事情。 车胜元饰演负责铲除“暴君计划”相关势力的前任要员“林尚”，其角色将散发出不可替代的存在感。
在风之街“风都”，左翔太郎、拍档菲利普以及所长鸣海亚树子三人经营着侦探事务所。看似一片和平的风都背后，神秘组织在地下流通着能让普通人变成Dopant的“恶之盖亚存储条”。而造成众多离奇事件的神秘组织核心“园咲家”的每个人，都在风都有着很大的影响力。挑战Dopant们引发离奇事件的翔太郎和菲利普两人，使用六根“盖亚存储条”合体变身成假面骑士W，决然地对抗着园咲家族。 园咲家族的目的到底是什么？假面骑士W、菲利普神秘的过去又是什么？隐含着众多谜题，假面骑士W的战斗拉开帷幕……
